Fondazione Sistema Toscana nasce nel 2005 per volontà di Regione Toscana e Banca MPS, al fine di promuovere il territorio regionale e la sua identità con strumenti di comunicazione digitale integrata: web, produzioni multimediali, social media.
Dal 2010, a seguito della fusione con Mediateca Regionale Toscana, sviluppa e sostiene anche le attività in campo cinematografico e audiovisivo, attuando le politiche regionali di settore anche in ambito educativo e formativo.

FST è un soggetto senza fine di lucro che dal 2014 è governato al 100% da Regione Toscana.
Da agosto 2016, per effetto della L.R. 59/2016, opera per Regione Toscana in regime di in house providing. FST coniuga efficacemente la logica pubblica (trasparenza, procedure di selezione, rendicontazione, natura e scopi delle attività realizzate, disseminazione) con quella privata (competenze, modello gestionale, tempestività di intervento, orientamento al risultato).